Primera temporada
Marcos llega al internado de la mano de su pequeña hermana Paula También es nueva María , que entra como nueva limpiadora. Alfonso confía en Vicky y Carol para contarles un secreto: el internado es peligroso y tienen que salir de allí como sea. Para ello las cita de noche en el cementerio próximo al edificio. Las chicas se lo cuentan a Iván, Roque , Cayetano y Marcos, los cuales empiezan a investigar en secreto la desaparición de cinco alumnos del antiguo orfanato (al final de la temporada descubren sus cadáveres y el de Alfonso en los sótanos del colegio).
Segunda temporada
La muerte de Cayetano ha despertado aún más el interés de los chicos por saber quién se esconde detrás de todos los extraños asesinatos cometidos en el internado, sobre todo para Roque, fiel amigo del fallecido y supuestamente última persona con la que habló. Llega un nuevo profesor de matemáticas: Mateo .A su vez llega una nueva alumna un poco conflictiva, Julia , que viene al internado después de haber mantenido una relación sentimental con su padrastro.Vicky tiene otros asuntos que atender ya que Cristina Palacios, una chica de su barrio, desapareció sin dejar rastro y piensa que el nuevo profesor es el culpable. Elsa está embarazada de gemelos y descubre que tiene un hermano gemelo que anda perdido por el bosque, pero a través de los recuerdos de Jacinta vemos que ella, Jacinta joven , lo escondió en el pasado para proteger su vida y él es el »Gnomo» amigo de Paula. Elsa, cuando va al encuentro de su hermano, al verlo se asusta y pierde a los gemelos. Su hermano la lleva hasta el internado, pero, antes de llegar, lo matan a tiros los policías.
Tercera temporada
Iván mató al contacto de Fermín cuando este apuntaba a María con una pistola. El jefe de Fermín piensa que este lo ha traicionado llevándose el Tríptico de la Epifanía y ha mandado a Nora al internado, como profesora de historia, para que lo vigile. Los chicos piensan que Héctor es el culpable de todo, pero se dan cuenta de que eso no es cierto al averiguar que perteneció al grupo de huérfanos que, como ellos, investigaban lo que pasaba allí. Irene Espí intenta escapar por los pasadizos con su bebé con la ayuda de Nora, quien muere en el lugar. Nora, agonizante, llama a Fermín y le dice dónde está Irene Espí para ser rescatada. Julia ve a Cayetano en forma de fantasma, este quiere contarles a sus amigos quién le mató. En el último capítulo de esta temporada se descubre que su asesino es Noiret, el padre de Iván.
El INTERNADO 